中国中医科学院西苑医院肛肠科是一个有着六十多年历史，在国内享有盛誉，以“临床疗效为核心、中医药特色为根本、科研创新为引擎、学术引领为使命”的优秀科室，是中国医师协会中西医结合医师分会肛肠专家委员会主任委员单位、白求恩精神研究会肛肠分会会长单位、北京肛肠学会会长单位、北京整合医学学会盆底疾病分会主任委员单位、世界中医药联合会外科分会副会长、中国中医药信息学会肛肠分会副会长单位等。2014年被评为全国中医肛肠学科先进名医工作室单位，2018年被评为中国中医医院最佳临床型专科肛肠科。2022~2024年连续3年在中国中医医院竞争力排行榜肛肠专科排名第10位。

肛肠科现有主任医师6名、副主任医师5名、主治医师3名，其中博士后2人、博士11人、硕士2人，护士12名。科室全面开展结直肠癌、肛周良性疾病、肠道功能紊乱性疾病及盆底功能障碍性疾病的诊治，年住院患者及手术例数均超过1800例。病房设施完善，开设有各专病诊室、中医特色换药康复室、监护室、肠镜室等。科室配置有全高清腹腔镜手术系统、电子结肠镜、电子乙状结肠镜、肛管直肠测压仪、生物反馈治疗系统、肛管直肠腔内治疗仪、结肠水疗机、红外线治疗仪、中药熏洗机、中药离子导入仪、艾灸治疗仪等。

科室诊治范围包括全部结直肠肛门盆底疾病，在中西医综合治疗结直肠癌、高位复杂性肛瘘、复杂性肛周脓肿、嵌顿痔、直肠脱垂、功能性便秘、慢性结肠炎、肛肠疾病伴有血液病、结直肠癌术后并发症、电子结肠镜检查及镜下治疗等方面具有显著优势。围手术期采用中药口服及中医外治疗法中药膏摩、中药封包治疗、穴位贴敷、耳穴压豆、皮内针、针刺、艾灸、穴位按摩等多种方式加速患者术后康复。

科室广泛开展具有中医、中西医结合特色诊疗服务项目，如高悬低切术治疗混合痔、铜离子电化学疗法治疗内痔、腹腔镜结直肠癌手术、适形定向挂线治疗高位复杂性肛瘘、电子肠镜下中医硬化剂注射治疗内痔、直肠瘢痕支持固定术加中药硬化剂注射术治疗出口梗阻型便秘、穴位强化埋线治疗顽固性便秘等，结肠次全切除治疗慢传输型便秘、RPH技术治疗重度混合痔、STAPRE手术治疗直肠脱垂、经肛门直肠肿瘤切除手术等。

近年来科室取得系列研究成果，承担国家自然科学基金、北京市各级科研项目、临床研究项目20余项，发表SCI和中文核心论文近数百篇、专利30余项。现科室已成为集人才培养、新技术开发、医教研一体化的国内知名学科，承担博士研究生、硕士研究生、本科生、规培生、进修生的临床教学工作，也是全国西学中班教学实习的特色科室。每年定期开办“全国肛肠新技术学习班”、“西苑肛肠学术会议”及“手把手手术现场教学演示”等培训项目，是国内培养中西医结合肛肠医师的重要基地。